Struktur organisasi Fakultas Teknik dipimpin oleh Dekan yang berada di bawah pengawasan Senat Fakultas, serta dibantu oleh Wakil Dekan I dan Wakil Dekan II.
Di tingkat program studi, terdapat Ketua dan Sekretaris Program Studi S1 dan S2 yang mengelola kegiatan akademik. Operasional penunjang didukung oleh Kepala Tata Usaha S1 dan S2 beserta bidang keuangan, akademik, administrasi, dan sarana prasarana.
Selain itu, fakultas juga memiliki Kepala Laboratorium dan Laboran, serta unit pendukung seperti pengelola jurnal, pusat pelatihan dan uji kompetensi keteknikan, dan perpustakaan, yang berkoordinasi untuk menunjang pelaksanaan pendidikan, penelitian, dan pengabdian.